Am besten mit dem heißluftföhn schön heiß machen, dann kann man, meist die Dichtmasse mit einen spachtel gut in streifen weg machen und geht relativ zügig.
Falls der spachtel sich verkeilt, und tiefere Kratzer macht, ist das ja nicht all zu schlimm da du ihn ja eh nochmal beschichten tust mit Füller.
Zur neuen Beschichtung kann ich dir die VW polyurethan klebe dichtmasse empfehlen, für überall wo Bleche aufeinander treffen, oder damit z.b. die gummistöpsel einkleben.
Und für den kompletten Schutz des Unterbodens, kann ich dir von VW die spritzbare nahtabdichtung empfehlen. Da brauch man zwar einige kartuschen für.
Aber die ist super und bleibt auch lange flexibel. Einzigstes Problem, du brauchst um die zu spritzen eine spezielle Abdichtpistole.